个人简历

刘兆谦，2023年6月毕业于山东大学数学学院，获理学博士学位。博士期间赴美国俄亥俄州立大学进行联合培养。主要研究方向为生物信息学，运用图论、组合优化与机器学习理论与方法，开展生物医学大数据智能分析与计算建模研究，重点聚焦微生物宿主互作机制、肿瘤免疫微生态解析与精准干预算法等方向。近年来，在Trends in Microbiology、Advanced Science、Briefings in Bioinformatics等国际高水平SCI期刊发表多篇学术论文。主持国家自然科学基金青年科学基金项目 1 项、陕西省自然科学基础研究计划青年项目 1 项，参与国家重点研发计划、国家自然科学基金面上项目等多项省部级及以上科研项目。

论文

1.Zhaoqian Liu, Yuhan Sun, Anjun Ma, Qin Ma, Bingqiang Liu. An explainable graph neural framework to identify cancer-associated intratumoral microbial communities. Advanced Science. 2024.

2.Zhaoqian Liu, Qi Wang, Dongjun Chung, Qin Ma, Jing Zhao, Bingqiang Liu. Inference of disease-associated microbial gene modules based on metagenomic and metatranscriptomic data. Computers in Biology and Medicine. 2023.

3.Zhaoqian Liu, Jingtong Feng, Bin Yu, Qin Ma, Bingqiang Liu. The functional determinants in the organization of bacterial genomes. Briefings in Bioinformatics. 2021.

4.Zhaoqian Liu, Anjun Ma, Ewy Mathé, Marlena Merling, Qin Ma, Bingqiang Liu. Network analyses in microbiome based on high-throughput multi-omics data. Briefings in Bioinformatics. 2021.

5.Qi Wang, Zhaoqian Liu, Anjun Ma, Zihai Li, Bingqiang Liu, Qin Ma. Computational methods and challenges in analyzing intratumoral microbiome data. Trends in Microbiology. 2023.

6.Qi Wang, Zhaoqian Liu, Bo Yan, Wenchi Chou, Laurence Ettwiller, Qin Ma, Bingqiang Liu. A novel computational framework for genome-scale alternative transcription units prediction. Briefings in Bioinformatics. 2021.

7.Ying Li, Qi Zhang, Zhaoqian Liu, Cankun Wang, Siyu Han, Qin Ma, Wei Du. Deep forest ensemble learning for classification of alignments of non-coding RNA sequences based on multi-view structure representations. Briefings in Bioinformatics. 2021.

8.Ying Li, Jianing Zhao, Zhaoqian Liu, Cankun Wang, Lizheng Wei, Siyu Han and Wei Du. De-novo prediction of moonlighting proteins using multimodal deep ensemble learning. Frontiers in Genetics. 2021.

9.Mengting Niu, Jun Zhang, Yanjuan Li, Cankun Wang, Zhaoqian Liu, Hui Ding, Quan Zou, Qin Ma. CirRNAPL: A web server for the identification of circRNA based on extreme learning machine. Computational and Structural Biotechnology Journal. 2020.

项目

1. 国家自然科学基金委员会，国家自然科学基金青年科学基金项目，基于流形测度匹配与逆向优化的非小细胞肺癌免疫微生态干预算法研究，2027.01–2029.12，主持

2. 陕西省科学技术厅，陕西省自然科学基础研究计划青年项目，整合纵向多组学数据挖掘疾病相关微生物宿主作用机制的算法研究，2025.01–2026.12，主持

3. 国家自然科学基金委员会，国家自然科学基金面上项目，周期环境影响下媒介生物传染病的动力学模型研究与应用，2025.01–2028.12，参与

4. 山东省科学技术厅，山东省自然科学基金杰出青年项目，生物信息学，2024.01–2026.12，参与

5. 科技部，国家重点研发计划，乳腺癌精准医学中的数学模型和算法研究，2020.12–2025.11，参与